Клисурският манастир е разположен край река Врещица, под връх Тодорини кукли в северното подножие на планина Козница от Западна Стара планина.

Клисурският манастир е основан през 1240г., като тогава е носил името Врещецки. През 15в. манастира е разрушен от турците и за дълго остава необитаем. През 1742г. е възстановен с дарения от клисурци, но 40г. по-късно отново е разрушен. Въпреки това манастира за пореден път възкръсва благодарение на монасите и местните родолюбци.

Годината 1862 е трагична в историята на Клисурския манастир. Тогава по време на празника на светите братя Кирил и Методий, манастира е нападнат от башибозука на берковскя паша Юсуф бей и плячкосан. Избити са над 120 души, а самият манастир е сринат.
През 2000г. в аязмото на Клисурския манастир е открита т.нар. "жива вода", която идва от връх Тодорини кукли. Водата е изворна, с ниско съдържание на минерали и се смята за лековита.

От месец май 2007 година в Клисурския манастир са се заселили и 6 монахини, българки от Вардарска Македония. Всяка година ръководството на манастира организира съвместно с православни организации лагери за деца от цялата страна.